Basecamp Research собирает генетические данные для обучения моделей EDEN
Basecamp обучает EDEN на генетических данных малоизученных видов. Собственный массив компании достиг примерно 15 трлн ДНК-токенов; до подтверждённого лечения людей разработке ещё далеко.
Публичные базы не отражают всего разнообразия жизни
Стартап Basecamp Research, основанный в 2020 году, развивает модели EDEN и собственные кандидаты для терапии. Сейчас компания говорит о лабораторных результатах и данных на мышах; неизвестно, приведёт ли подход к безопасному и эффективному лечению людей. Сначала Basecamp рассматривает клеточные терапии, которые должны изменять клетки пациента непосредственно внутри организма.
Технический директор Фил Лоренц считает, что для биологических моделей нужно на порядки больше данных и одновременно небольшие прицельные эксперименты. По статье THE DECODER, около 68% объёма последовательностей в Sequence Read Archive приходится на пять видов, а примерно 54% — на людей. Такой перекос мешает моделям учиться на всём разнообразии биологии.
Компания собирает образцы в разных экосистемах
Basecamp собирает образцы вместе с местными исследовательскими партнёрами — в том числе из почвы тропических лесов, вулканических районов и глубоководных областей у Антарктиды. Компания сообщала о сети более чем в 30 странах и на всех семи континентах; Microsoft указывает 208 организаций в 31 стране.
Во время интервью массив Basecamp содержал около 15 трлн токенов, где один токен соответствует элементу ДНК, а не слову. По данным Microsoft, первая версия EDEN обучалась на 9,7 трлн элементов ДНК более миллиона недавно секвенированных видов. В проекте участвовали исследователи Microsoft, вычисления проводились на Azure; сравнение их объёма с GPT-4 в публикации также приводится со ссылкой на Microsoft.
Компания планировала примерно за полтора года увеличить массив примерно в сто раз и превысить квадриллион токенов. Для этого был объявлен Trillion Gene Atlas с участием Basecamp, Anthropic, Nvidia, PacBio и Ultima Genomics. Публикация не уточняет, насколько далеко продвинулось расширение.
Эволюционные механизмы рассматриваются как источник новых кандидатов
Лоренц связывает природный отбор с медицинскими задачами: соперничество микроорганизмов порождает вещества, подавляющие конкурентов, а некоторые из них могут стать основой антибиотиков. Вирусы-бактериофаги и их взаимодействие с бактериями также дали биологии инструменты, применяемые в редактировании генов.
Basecamp рассчитывает не только находить уже известные соединения, но и проектировать новые кандидаты на основе генетических закономерностей. Это исследовательская цель компании, а не подтверждённый терапевтический результат; дальнейшие лабораторные и клинические испытания ещё необходимы.